Fußbodenheizungen sind günstiger im Betrieb als Heizkörper, da sie weniger Energie verbrauchen, während Heizkörper sich durch eine schnellere Wärmeabgabe auszeichnen.
Flächenheizungen wie Fußbodenheizungen erzeugen hauptsächlich Strahlungswärme. Konventionelle Heizkörper sorgen dagegen vorwiegend für Konvektionswärme. Das heißt, Fußbodenheizungen erwärmen Körper und Gegenstände im Raum, wohingegen Heizkörper die Wärme an die Luft übertragen. Bei der Konvektionswärme der Heizkörper kommt es zur Luftverwirbelung und einem stärkeren Temperaturgefälle. Die Strahlungswärme der Fußbodenheizung verteilt sich gleichmäßig und sorgt für ein angenehmes Raumklima.
Ein weiterer Vorteil von Fußbodenheizungen ist die Platzersparnis. Die Fußbodenheizung nimmt im Raum selbst keinen Platz ein, da sie unter dem Bodenbelag verbaut ist. Heizkörper hingegen sind sichtbar im Raum montiert.
Ein großer Vorteil von Heizkörpern ist, dass sie schnell Wärme abgeben. Bei einer Fußbodenheizung dauert es mehrere Stunden, bis die gewünschte Temperatur erreicht ist, da die Wärme erst den Estrich und den Bodenbelag durchdringt. Bei Heizkörpern dauert es je nach Größe des Raumes zwischen 20 Minuten und einer Stunde, bis die eingestellte Temperatur erreicht ist.
Um festzustellen, ob der Einbau von Heizkörpern oder eine Fußbodenheizung kostengünstiger ist, ist es notwendig, Betriebskosten und Investitionskosten zu berücksichtigen. Die Betriebskosten einer Fußbodenheizung sind im Vergleich geringer als die Betriebskosten von Heizkörpern in einem Gebäude. Für die Fußbodenheizung eignet sich besonders die Kombination mit einer Wärmepumpe. Die geringe Vorlauftemperatur von Fußbodenheizungen spart Energie und Kosten. Die Investitionskosten sind bei Heizkörpern um ca. 20–30 % niedriger als die Investitionskosten von Fußbodenheizungen.
Ob der Einbau von Heizkörpern oder der Einbau einer Fußbodenheizung vorteilhafter ist, hängt von den individuellen Bedürfnissen der Nutzer und vom gewählten Heizsystem ab.